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Les premières fouilles françaises sur le site de Deir el-Médina, ordonnées par Gaston Maspero, datent de la fin du XIXe siècle. Elles ont permis d’exhumer le tombeau inviolé de Sennedjem (TT_1) qui est ouvert à la visite. Au début du XXe siècle, plusieurs archéologues de diverses nationalités se succèdent sur le site et font des découvertes tout aussi importantes, mettant au jour une partie du village et plusieurs tombes décorées d'époque ramesside. La plus spectaculaire revient à Ernesto Schiaparelli qui trouve la tombe intacte du chef des travaux Khâ (TT_8) contenant tout le mobilier funéraire maintenant exposé au musée égyptien de Turin.

À partir de 1917, l’Institut français d’archéologie orientale du Caire (Ifao) obtient la concession du site. En 1922, Bernard Bruyère arrive sur place avec comme mission de lancer un vaste programme de fouilles, qu’il pilota jusqu’en 1951. Plusieurs mois par an, dirigeant des centaines d’ouvriers, il s’attèle à mettre au jour de manière systématique tous les secteurs du site, mais aussi de restaurer les monuments détruits ou fragiles. Grâce à lui, l’histoire de la communauté de Deir el-Médina a été peu à peu reconstruite. Le service des archives et collections de l'Ifao conserve un ensemble de documents donnés par sa femme Françoise Bruyère, en 1981 : journaux de fouilles, registres d'objets, notes de recherche, manuscrits inédits et tirages photographiques. Ces archives sont venues rejoindre à l'Ifao d'autres documents qui avaient été laissés sur place par Bernard Bruyère : relevés épigraphiques, peintures de scènes funéraires, plans du site, plaques de verre photographiques. Son legs est énorme et la documentation archéologique, épigraphique et matérielle, exhumé lors de ses fouilles est toujours en cours d’étude. Les journaux de fouilles, les notes, les documents rédigés pendant ses années sur le terrain, sont des témoignages inestimables sur les opérations archéologiques qu’il a conduites, d’autant plus que Bernard Bruyère avait soin de dessiner tous les objets qui étaient mis au jour. Pour faciliter son travail sur place et pour accueillir les chercheurs, Bernard Bruyère avait aménagé une maison de fouilles contenant plusieurs chambres, une salle de travail, une cuisine et une salle à manger. Cette maison est toujours utilisée par les équipes qui viennent étudier le site.

Entre 1952 et 1954 deux membres scientifiques de l’Ifao, Jean Yoyotte et Pierre du Bourguet sont envoyés sur place pour commencer un inventaire de tous les objets découverts pendant les fouilles et stockés dans les magasins du site.
Après dix-huit ans d’interruption, les activités archéologiques reprennent en 1970 sous l’impulsion de Serge Sauneron alors directeur de l’Ifao. Deux campagnes de fouilles dirigées par Georges Castel mettent au jour plusieurs sépultures postérieures à la dernière occupation ramesside du village. En 1974 et 1975, Dominique Valbelle et Charles Bonnet dégagent plusieurs secteurs du village ce qui permet de mieux en comprendre la structure et les différentes phases d’agrandissement.
Il faudra ensuite attendre 2017 pour que de nouvelles fouilles archéologiques soient possibles sur le site de Deir el-Médina. Elles furent dirigées par Cédric Gobeil à l’avant du temple ptolémaïque. Depuis cette date, les fouilles n’ont pas repris. Les travaux de la mission suivent maintenant deux axes principaux : étude, restauration et publication des monuments majeurs du site ; étude et publication des objets trouvés pendant les fouilles réalisées entre 1922 et 1952. A cette fin, de nombreux partenariats institutionnels ont été engagés avec des universités du monde entier. Les champs de recherche de la mission sont maintenant très variés : archéologie, anthropologie physique, histoire religieuse, histoire économique, histoire des techniques, histoire sociale, géo-archéologie, recherche en restauration, etc.

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